Vesililjojen päärakenne
Vesililjoilla on juurtuja leviävässä juurijärjestelmässä.
Vesililjoilla on leviäviä juurakoita ja juuria, jotka ankkuroivat kasvin syvälle vielä makean pintaveden mudaan. Juuret vievät ravintoaineita samoin kuin pienet vesivarat. Niiden ei tarvitse ottaa suuria vesivarantoja, koska kasvi on upotettu; lehtien alapinta voi myös ottaa vettä.
Hardy vesililja
Hardy vesililjat
Kun kovan vesililjan varret, lehdet ja kukat kärsivät pakkasesta ja kuolevat, juuri pysyy turvallisesti ankkuroituneena veden alle, missä lämpötila ei laske alle jäätymisen. Kasvi tulee kokonaan uudestaan juurista uudelleen joka kevää, edellyttäen että koko vesiallas ei jäätynyt kiinteänä.
Trooppinen lumpeen
Trooppiset vesililjat
Huurtumat voivat tappaa koko trooppisen vesililjan, myös juuret. Juuret on peitettävä vähintään jalalla tyydyttävää, makeaa vettä. Jotkut trooppiset vesililjat tuottavat mukuloita lähellä kruunua, ja ne voidaan korjata ja istuttaa uusille vesililjoille.
Rhizomien luonne
Juurakot ovat todella maanalaisia varret, joita käytetään pääasiassa varastointiin. Vesililjajuurakot varastoivat hiilihydraatteja ja proteiineja lepotilassa, etenkin talvella. Keväällä juurakot vapauttavat aminohappoja ja hiilihydraatteja nopean verson kasvun tukemiseksi, kunnes lehtiä on riittävästi, ja ne voivat ottaa ruoan tuotannon.